1、领导班子建设:教育部高校思想理论课教学指导委员会委员、学院党委书记李玉鸿教授担任马院名誉院长;新疆高校首位全国高校思想政治理论课影响力人物,新疆高校思想政治理论课学科带头人、新疆高校思想政治理论课“教学能手”称号获得者王学利教授出任马院院长 。同时,配齐了马院的党总支书记和副院长。
2、内设机构
(1)教学机构
马克思主义中国化、《思想道德修养与法律基础》、《新疆历史与民族宗教理论政策教程》和形势与政策课四个教研室。计划设德育活动课教研室(工作室)、实践教学协同创新中心
(2)研究机构
学院思想政治教育研究所、新疆职业院校思想政治教育研究中心
(3)挂靠科研和社会服务机构
全国高职高专党委书记论坛主任委员会秘书处、全国高职高专思想政治理论课建设联盟副会长单位秘书处和新疆职业院校思想政治教育研究会秘书处